Căn cứ quy định tại khoản 2, Mục II Thông tư 09/2005/TT-BNV hướng dẫn thực hiện chế phụ cấp đặc biệt đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang: 

"2. Cách tính trả:

a) Phụ cấp đặc biệt được tính trả theo nơi làm việc cùng kỳ lương hoặc phụ cấp quân hàm hàng tháng và không dùng để tính đóng, hưởng chế độ bảo hiểm xã hội.

b) Phụ cấp đặc biệt chỉ trả cho những tháng thực sự công tác trên địa bàn, khi rời khỏi địa bàn từ một tháng trở lên hoặc đến công tác không tròn tháng thì không được hưởng.

c) Nguồn kinh phí chi trả Phụ cấp đặc biệt:

Các đối tượng thuộc cơ quan, đơn vị được ngân sách nhà nước bảo đảm toàn bộ, Phụ cấp đặc biệt do ngân sách nhà nước chi trả theo phân cấp ngân sách hiện hành trong dự toán ngân sách được giao hàng năm cho cơ quan, đơn vị;

Các đối tượng thuộc cơ quan thực hiện khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính và các đối tượng thuộc các đơn vị sự nghiệp thực hiện tự chủ tài chính, phụ cấp đặc biệt do cơ quan, đơn vị chi trả từ nguồn kinh phí khoán và nguồn tài chính được giao tự chủ."

Cách tính trả chế độ được hướng dẫn cụ thể hơn bởi khoản 2.2 mục 2 Hướng dẫn 1705/LCTC-CS  Liên cục Tài chính - Chính sách hướng dẫn thực hiện chế độ phụ cấp đặc biệt:

"2.2- Cách tính trả: 

a- Phụ cấp đặc biệt được tính trả cùng kỳ lương hoặc phụ cấp quân hàm hàng tháng và không dùng để tính đóng, hưởng chế độ bảo hiểm xã hội. 

b- Phụ cấp đặc biệt chỉ trả cho những tháng thực sự làm nhiệm vụ trên địa bàn; khi rời khỏi địa bàn từ 1 tháng trở lên (trừ đi phép) thì không được hưởng. 

c- Những người đến công tác tại các địa bàn có phụ cấp đặc biệt chỉ được hưởng phụ cấp đặc biệt theo số ngày thực tế đến công tác và được tính như sau: 

Phụ cấp đặc biệt được hưởng trong thời gian công tác tại địa bàn = (Mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có) hoặc phụ cấp quân hàm hiện hưởng đối với HSQ, BS x Tỷ lệ % phụ cấp được hưởng theo quy định x Số ngày thực tế công tác tại địa bàn)/ 30 ngày 

Ví dụ: Đồng chí A, cấp bậc Trung uý, chức vụ Trung đội trưởng, đến công tác 15 ngày (kể cả ngày lễ, chủ nhật) tại địa bàn có phụ cấp đặc biệt có mức 50%. Đồng chí A được hưởng phụ cấp đặc biệt trong thời gian công tác là: 

(350.000 đ/tháng x (4,6 + 0,2) x 50% x 15 ngày) /30 ngày = 420.000 đồng 

Hướng dẫn này thực hiện kể từ ngày 01 tháng 11 năm 2005. 

Quá trình thực hiện có gì vướng mắc các đơn vị phản ánh về Liên cục để xem xét, giải quyết./."
 

Như vậy, nếu chỉ căn cứ vào Thông tư 09/2005/TT-BNV thì thời gian anh không công tác thực tế trên địa bàn biên giới sẽ không được chi trả chế độ, tuy nhiên, căn cứ vào quy định tại Hướng dẫn 1705/LCTC-CS thì thời gian không công tác thực tế nhưng thuộc trường hợp nghỉ phép thì vẫn được chi trả phụ cấp biên giới.

Anh tham khảo để giải đáp thắc mắc của mình!